Крейг Шварц, кукловод, не может прокормить семью своим искусством и устраивается на работу в странный офис на седьмом с половиной этаже. Его жена Лотти не разделяет его увлечения, а сама увлечена животными, которые заполнили их маленькую квартиру. На новом месте работы Крейг обнаруживает потайную дверцу за шкафом, ведущую в сознание известного актёра Джона Малковича.

Крейг и его коллега Максин начинают зарабатывать деньги, предлагая людям возможность на 15 минут стать Джоном Малковичем за 200 долларов. Однако Крейг влюбляется в Максин, которая не обращает на него внимания. Лотти также начинает испытывать чувства к Максин, и та отвечает ей взаимностью только когда Лотти находится в теле Малковича.

В итоге Крейг не выдерживает и запирает Лотти в клетке с шимпанзе, чтобы занять её место во время свидания с Максин. Джон Малкович, уставший от того, что его используют как марионетку, сам заходит в дверцу и оказывается в странном месте, полном других Джонов Малковичей и людей, желающих жить вечно через его тело.

Фильм начинается с романтической встречи главных героев, Гарри и Джулии. В тот же вечер, опоздав на свидание, Гарри случайно отвечает на звонок в телефонной будке и получает шокирующее сообщение: через 50 минут начнётся ядерная война. Поначалу никто не верит его словам, но деловая женщина из кафе решает проверить информацию и выясняет, что действительно многие люди готовятся к эвакуации.

В кафе начинается паника, и все собираются покинуть город. Гарри отправляется на поиски Джулии, и вскоре они вместе пытаются добраться до вертолёта для эвакуации. Однако, несмотря на их сомнения в реальности угрозы, тревога подтверждается, и улицы погружаются в хаос. В конечном итоге, когда они уже улетают на вертолёте, ядерные ракеты поражают Лос-Анджелес.

Вертолёт сбивается с курса и падает в озеро Ла-Брея. В последние мгновения перед катастрофой Гарри и Джулия прощаются друг с другом, обсуждая свою любовь и мечты. Фильм завершается яркой вспышкой света, намекающей на то, что по ним был нанесён удар.