В 2002 году генерал Карпухин поручает капитану Ракитину, командиру спецназа МВД «Рысь», совместно с таджикскими службами перехватить Амир Хана, личного порученца Алькаиды, в западном Памире. Операция проходит успешно, но Амир Хан погибает. В наши дни майор Ракитин продолжает руководить спецоперациями. После выполнения одной из них, группе предоставляется отпуск. Ракитину звонит его бывшая возлюбленная, занимающая высокий пост, и сообщает об исчезновении её двоих детей. Она признаётся, что Ракитин — их отец.

Действие разворачивается в годы Гражданской войны в России. После революции опытные сотрудники уголовного розыска были отстранены от работы. Однако рост преступности показал, что одной лишь большевистской идейности недостаточно для борьбы с ней.

В МУР приходит бывший следователь сыскной полиции, Николай Вараксин. Его напарником становится новичок уголовного розыска, матрос Балтийского флота, Пётр Соколов. Они совершенно разные по происхождению, возрасту и жизненному опыту, что вызывает неприязнь между ними, но им приходится работать вместе.