Действие происходит в июне 1983 года в отдалённой японской деревне Хинамидзава. Главный герой, старшеклассник Кэйити Маэбара, недавно переехал туда из города и завёл друзей среди одноклассников: Мион Сонодзаки, Рэну Рюгу, Рику Фурудэ и Сатоко Ходзё. В деревне готовятся к ежегодному фестивалю «Ватанагаси», после которого в течение пяти лет происходят загадочные преступления, связанные с «проклятием Оясиро-сама».
Сюжет разбит на несколько арок. В первой арке Кэйити узнаёт о прошлом убийстве и исчезновении людей, что связано с проклятием. После фестиваля он становится свидетелем таинственных событий, включая нападение Рэны на него. В последующих арках раскрываются секреты деревни и персонажей, а также их взаимосвязи с проклятием. Сюжет включает в себя элементы детектива и психологического ужаса, где герои сталкиваются с тёмными аспектами своей жизни и деревни.
В королевстве Мидландия надвигается беда: пираты из «Чертовой дюжины» жаждут мести. Чтобы защитить королевство, Джим Пуговка и машинист Лукас отправляются в путешествие на волшебном паровозе, чтобы найти великана Туртура, который мог бы стать маяком. Им предстоит пересечь моря и бескрайнюю пустыню, где их ждут опасности и приключения, но верные друзья всегда готовы прийти на помощь.
Во время путешествия они встречают господина Линя, который оказывается совсем не великаном, а также полу-дракона Непумука, изгнанного из вулкана. Вместе они продолжают путь, но пираты похищают Молли, и герои отправляются на ее спасение.
На острове Пинг Джим и Лукас получают пророчество от Золотого дракона Мудрости о том, как победить «Чертову дюжину». Император дарит им корабль с командой, и в морском сражении пираты берут в плен Лукаса и Ли Ши. Джим проникает на корабль пиратов и узнает тайну своего происхождения: он — принц затонувшей страны Ямбала. С помощью пиратов он поднимает Ямбалу из моря, и она становится частью Мидландии.
В конце концов, друзья возвращаются домой, жизнь налаживается, пираты становятся подданными короля Альфонсо, а император Китая прибывает с визитом.