Сюжет фильма разворачивается вокруг неудачного покушения на президента США, совершенного мутантом Куртом Вагнером. Люди Икс, находясь на экскурсии, узнают об этом инциденте и возвращаются в свою школу. Скотт Саммерс подозревает, что за нападением стоит Магнито, однако профессор Чарльз Ксавьер утверждает, что тот не причастен.

Тем временем полковник Уильям Страйкер получает разрешение от президента на захват школы мутантов, чтобы уничтожить их. Он использует Магнито, подчиняя его с помощью специального препарата, чтобы узнать о Церебро — устройстве для отслеживания мутантов. Профессор Ксавьер отправляет Логана присмотреть за учениками, пока сам с Циклопом пытается выяснить местоположение Магнито.

Логан и другие мутанты решают отправиться в Бостон, чтобы найти Джин Грей и Шторм. Они сталкиваются с полицией и военными, пытаясь спастись от преследования. В это время Магнито собирает группу мутантов и планирует атаковать военную базу. Конфликт достигает кульминации на озере Алкали, где происходит грандиозная битва между Людьми Икс и силами Страйкера, что приводит к неожиданным альянсам и жертвам среди обеих сторон.

В научно-фантастическом телефильме 1993 года, коллегу и давнюю любовь главного героя неожиданно убивают. Он напивается в баре и получает удар током от лампы, который заставляет его переживать этот день снова и снова. Каждый день ровно в 12:01 протагонист начинает проживать этот день заново. Весь мир попадает во временную петлю, но только главный герой помнит события предыдущих циклов. Герой и его лучший друг пытаются найти выход из временной петли. Группа под руководством возлюбленной главного героя изучала поведение микрочастиц в ускорителе, разгоняя их быстрее скорости света. В конце концов, главный герой находит выход из временной петли, обеспечив фильму счастливый конец.