В 2263 году, через год после окончания основных событий сериала, космоархеолог Роберт Брайсон обнаруживает склад расы охотников за душами и похищает артефакт — светящуюся сферу. Он привозит её на станцию "Вавилон-5", чтобы предложить Майклу Гарибальди, президенту крупной корпорации на Марсе, в качестве средства для достижения бессмертия. Однако охотник за душами прибывает на станцию и сообщает, что сфера содержит миллиарды душ погибшей цивилизации планеты Ралга, стремящихся вырваться на свободу. Задача — остановить этот процесс любой ценой.

В результате аварии Элизабет Локли попадает в мир ушедшей расы и узнаёт, что инопланетяне не умерли, а эволюционировали в чистую энергию. По возвращении Локли обнаруживает станцию, окружённую кораблями охотников за душами, но ей удаётся привлечь на свою сторону одного из них. Ралгиане, жаждущие мести, пытаются взорвать реактор станции, чтобы уничтожить все корабли. Первый охотник приносит себя в жертву, чтобы предотвратить катастрофу и обещает освободить души.

В мрачном Городе потерянных детей, расположенном недалеко от моря, в замке-лаборатории живёт зловещий учёный по имени Кранк. Он страдает от неспособности спать и похищает детей, чтобы красть их сны, но из-за детского страха видит только кошмары. Кранку помогают братья-клоны и их "мамаша".

Силач по имени Уан, путешествующий с братом и конферансье, прибывает в город, где таинственные сектанты похищают его младшего брата. В поисках брата Уан знакомится с храброй девочкой Миетт и вместе они скитаются по городу. Им предстоит столкнуться с опасностями и раскрыть тайны города.