В 1899 году террористическая группа, во главе с Фантомом, нападает на Банк Англии, чтобы украсть проекты фонда Леонардо да Винчи в Венеции, а затем похищает немецких ученых. Британская империя отправляет Сандерсона Рида в Кению, чтобы завербовать охотника Аллана Квотермейна. Квотермейн отказывается, пока на него не нападают убийцы. В Лондоне он знакомится с «M», который формирует «Лигу выдающихся джентльменов», чтобы остановить Фантома, планирующего мировую войну.

В Лигу входят Квотермейн, капитан Немо, вампирша Мина Харкер и невидимый вор Родни Скиннер. Позже к ним присоединяются Дориан Грей и агент США Том Сойер. В Париже они захватывают Эдварда Хайда, предложив ему амнистию. Лига отправляется в Венецию на «Наутилусе», но обнаруживает предателя на борту. В Венеции происходит взрыв, и Сойер останавливает разрушение города. Квотермейн сталкивается с Фантомом, оказавшимся «М», а Дориан убивает Измаила и похищает челнок «Наутилуса».

На борту «Наутилуса» Лига узнает, что «М» создал её, чтобы получить образцы для будущей войны. Скиннер сообщает, что следует за челноком. Лига прибывает в Монголию, где находит логово «М» с копией «Наутилуса». Немо и Хайд спасают ученых, Скиннер устанавливает взрывчатку, Мина убивает Дориана, а Квотермейн и Сойер противостоят «М», узнав в нём профессора Мориарти. Мориарти смертельно ранит Квотермейна, но Сойер убивает его. Квотермейна хоронят в Кении, и шаман проводит ритуал, вызывая шторм, чтобы вернуть его к жизни.

Майкл Вестен, первоклассный шпион, оказывается в непростой ситуации: его начальство внезапно отказывается от него по неясным причинам. Теперь он – персона нон-грата для всех спецслужб, его счета заморожены, а документы недействительны. Вестену удается добраться до Майами, где его ждет бывшая девушка Фиона, которая сообщает о его приезде матери Майкла.

Пытаясь выжить, Майкл начинает работать частным детективом, помогая тем, кто может оплатить его услуги. Он расследует дела, ввязывается в перестрелки и постоянно находится под наблюдением ФБР и других секретных служб. Ему помогает Сэм, отставной агент, дающий ценные советы. Однажды Майкл находит у себя дома свои фотографии, сделанные профессионалом. Он пытается выяснить, кто за ним следит и почему его «списали» со счетов спецслужбы. Жажда узнать правду о произошедшем и мотивы тех, кто стоит за его увольнением, заставляют его браться за любую работу.