В Новом Орлеане детектив полиции Уэс Блок расследует серию убийств молодых женщин. Все жертвы — проститутки, задушенные в своих постелях. Убийца не оставляет отпечатков пальцев, но всегда ждет до полуночи и даже готовит себе кофе на месте преступления. Расследование заводит детектива в бордели, где он пытается найти хоть какие-то улики и зацепки.

Убийца начинает насмехаться над Блоком, посылая ему куклу с запиской и устраивая ловушки в публичных домах. Затем преступник переходит к более жестоким действиям: проникает в дом детектива, убивает няню и домашних животных, а также нападает на его дочь Аманду.

В ходе расследования выясняется, что к преступлениям причастен полицейский Леандер Рольфе, которого Блок когда-то арестовал за изнасилование. Рольфе нападает на психолога Берил Тибодо, консультирующую Блока по делу. В финальной схватке Блок преследует Рольфе и в итоге убивает его.

Фильм рассказывает о группе ученых, которые создают исследовательский центр в пустыне Сахары для изучения таинственной пещеры на глубине девяти миль. Вскоре связь с ними прерывается, и на место происшествия прибывает инспектор безопасности по имени Томас Джекманн. Он обнаруживает заброшенный комплекс, полный следов борьбы и странных надписей на стенах.

Джекманн встречает единственную оставшуюся в живых ученую, Дженни Кристенсен, которая утверждает, что остальные члены команды погибли из-за галлюцинаций и агрессивного поведения. Она рассказывает, что группа исследовала звуки, похожие на крики людей, исходящие из глубины пещеры. По мере расследования Джекманн начинает сомневаться в реальности происходящего и в том, кто такая Дженни.

Вскоре он сталкивается с ужасными видениями и начинает подозревать, что Дженни может быть не человеком. Конфликт между ними достигает кульминации, когда Джекманн находит человеческие останки и пытается выяснить правду о произошедшем. Фильм заканчивается открытым вопросом о том, что является реальностью, а что — галлюцинацией, оставляя зрителя в напряжении до самого конца.

В основе сюжета лежит история женщины, которую преследует призрак её нерожденного ребенка. Фильм показывает жуткие последствия криминальных абортов, произошедшие в буддийском храме в Таиланде. Убитые дети решают отомстить тем, кто лишил их жизни, что включает в себя множество людей.

В 1992 году писатель Кэнъитиро Тэрасава встречает старика, который рассказывает о динозавре, помогавшем японским солдатам во время Второй мировой войны на острове Лагос. Тэрасава предполагает, что этот динозавр стал Годзиллой после радиоактивного облучения в 1954 году. Он находит майора Синдо, который подтверждает его историю и показывает снимки динозавра.

Группа путешественников во времени, включая Кэнъитиро и андроида М-11, отправляется в 1944 год и становится свидетелями появления Годзиллы, который защищает японский гарнизон от американских войск. После этого они возвращаются в 1992 год, но обнаруживают, что Годзилла исчез, а вместо него миром угрожает Кинг Гидора.

В Беринговом море начинается операция по уничтожению Годзиллы, который вновь появляется и становится ещё более мощным. Происходит сражение между Годзиллой и Кингом Гидорой на Хоккайдо. Группа пытается остановить Гидору, но в конечном итоге Годзилла одерживает верх.

В финале Эмми, одна из героинь, возвращается в будущее, модифицирует Кинга Гидору в киборга и пытается остановить Годзиллу. Несмотря на усилия, Годзилла продолжает разрушать города и убивает Синдо. Фильм заканчивается тем, что Годзилла поднимается из моря после схватки с Меха-Гидорой.