Известный хирург Дмитрий Долгов сталкивается с чередой неожиданных событий после того, как автор скандальной книги, раскрывающей тайные преступления влиятельных людей, умирает в его больнице. Под подозрением оказывается сам Долгов, а чтобы доказать свою невиновность и защитить репутацию клиники, он вынужден начать собственное расследование. По ходу дела выясняются опасные тайны, связанные с умершим автором, и Долгов выходит на след криминальной сети, которая пытается замести все следы.

После того как Шреддер избежал правосудия, он объединяет силы с безумным ученым Бакстером Стокманом и его приспешниками-тугодумами – Бибопом и Рокстеди. Их целью становится создание армии мутантов для захвата Земли. Черепашки-ниндзя вместе с Эйприл и Верном отправляются в опасное путешествие, чтобы найти древнее зелье, способное остановить邪恶势力. Однако по пути им предстоит столкнуться с множеством препятствий и новых врагов, которые готовы любой ценой помешать им выполнить миссию. В битве за будущее города черепашки должны использовать все свои навыки и силы, чтобы защитить своих друзей и родной Нью-Йорк от total annihilation .