В давние времена в мире древней Японии жил мальчик по имени Кубо. Он живет в маленькой деревушке вместе со своей матерью, которая часто теряет связь с реальностью из-за пережитых trauma. Кубо обладает уникальной способностью — создавать музыкальные истории с помощью своей лютни, добавляя к ней две волшебные нити. Однажды, в день своего рождения, Кубо ошибается в своем ритуале и привлекает внимание темных духов, которые долгое время искали возможность отомстить за смерть своего лидера. Чтобы защититься от преследователей, Кубо отправляется в опасное путешествие, где встречает необычных союзников: мудрую обезьяну и загадочного щитоносца-скалу, который когда-то был человеком. Вместе они ищут предметы, связанные с легендарным воином-отцом Кубо, чтобы противостоять врагам и раскрыть тайну своего наследия .

История разворачивается вокруг 16-летней девушки по имени Хатори Чисэ, чья жизнь была полна одиночества и жестокости. Лишенная любви и поддержки близких, она считает свою жизнь бессмысленной. Однажды к ней обращается загадочный чародей по имени Ридер, предложивший ей необычное будущее. Он решает взять девушку в ученицы и заключает с ней контракт, согласно которому она становится его "невестой". Под руководством Ридера Чисэ начинает обучаться магии и открывает для себя новый мир, полный потусторонних существ, древних сил и тайн. Постепенно она находит в себе силы противостоять своим страхам и обретает цель в жизни, хотя путь этот будет полон опасностей и испытаний .