Жизнь скульптора Джесс омрачена её борьбой с наркотической зависимостью, из-за которой она когда-то была вынуждена отдать свою дочь в приют. Проходит время, и Джесс решается вернуть Хлою, но её дочь отказывается иметь с матерью ничего общего. Чтобы исправить отношения, Джесс решает воспользоваться древней легендой о доме на окраине города, где supposedly обитает опасная ведьма. Героиня стучится в дверь этого дома, надеясь встретить там что-то ужасное, чтобы найти общий язык с дочерью. Однако её действия разбуждают нечто гораздо более опасное, чем она могла себе представить, и теперь ей предстоит столкнуться с последствиями своих решений.

Сюжет аниме разворачивается в элитной академии "Пик Надежды", где обучаются талантливые ученики, преуспевающие в различных областях. Однако, мир находится на грани краха из-за "Абсолютного Отчаяния". *Danganronpa 3: The End of Hope's Peak High School* завершает сюжетную линию Академии Пик Надежды. Специальный эпизод завершает основную сюжетную линию оригинального аниме «Данганронпа 3: Конец школы надежды — Будущее».