После событий предыдущего фильма генерал Джонни Рико был разжалован в полковники и отправлен на марсианскую орбитальную базу для подготовки пополнений в космический десант. Ему достался худший отряд, который он назвал "Потерянный". Тем временем на Марсе празднуется 25-я годовщина терраформирования, и звучат призывы к независимости марсианской колонии. Амбициозный Звездный маршал Эми Снэпп решает использовать ситуацию в своих интересах, направив флот на борьбу с арахнидами. Министр разведки Карл Дженкинс пытается предупредить Рико и капитана Кармен Ибанез о опасности, но его арестовывают. Празднование на Марсе оборачивается трагедией, когда планету атакуют арахниды. Города уничтожены, а орбитальная база разрушена. Рико с "Потерянным отрядом" приземляется на Марс и уничтожает несколько жуков-плазмометателей. Однако из-за поломок скафандра Рико не попадает на десантный транспорт и пропадает. Кармен сбегает из-под ареста, а Дженкинс раскрывает план Снэпп по уничтожению Марса. Дженкинс использует телепатию, чтобы привести Рико к бомбе, которую тот успевает отключить. Вместе с отрядом Рико объявляет о продолжении борьбы за Марс, что лишает Снэпп доверия. В конце Рико, Кармен и Дженкинс решают продолжать войну с арахнидами.