Действие разворачивается в 2027 году, через год после окончания неядерной войны. Нью-Порт Сити восстанавливается после войны, когда внезапно подвергается бомбардировке самоходными минами. Военный чиновник, замешанный в деле о взятках и продаже оружия, убит.

Глава отдела общественной безопасности Дайсукэ Арамаки сталкивается с Мотоко Кусанаги, назначенной в 501-й секретный отдел. Бато подозревает Кусанаги в причастности к недавним событиям. Детектив полиции префектуры Ниихама Тогуса расследует два дела об убийстве. Кусанаги находится под наблюдением главы 501-го секретного отдела, Куруцу, и агентов-киборгов.

История рассказывает о первых шагах Мотоко Кусанаги как элитного кибернетического агента. Кусанаги, сильный и независимый киборг-агент, сталкивается с таинственным заговором.

Журналист Ричард Диз, когда-то успешный репортер, теперь вынужден писать о незначительных событиях. Его редактор поручает ему расследовать загадочные убийства, связанные с таинственным пилотом, который на своем самолете Cessna 337 Skymaster совершает ночные приземления на маленьких аэродромах и оставляет за собой мертвые тела. Сначала Диз отказывается от задания, но после того, как его коллега Кэтрин Блэр начинает собственное расследование, он решает вмешаться.

Диз погружается в расследование и сталкивается с ужасными находками. Он обнаруживает, что пилот, Дуайт Ренфилд, убивает своих жертв жестоким образом, и вскоре сам становится одержимым этой историей. В ходе своего расследования он сталкивается с галлюцинациями и насилием, что приводит его к финальной встрече с Ренфилдом в аэропорту, где он обнаруживает множество тел.

В конечном итоге Диз оказывается в ловушке, когда полицейские находят его с оружием в руках и принимают за убийцу. Кэтрин становится свидетелем его смерти и получает известность благодаря сделанному ею снимку, но отказывается продолжать следить за Ренфилдом, который покидает место происшествия.